En tant que société savante, la SFMN comprend un grand nombre de groupes de travail organisés autour de pathologies d'organes (groupes cardiologie, neurologie, oncologie, endocrinologie, ostéo-articulaire) ou de thématiques particulières (biologie, radiopharmaceutique, image).
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| Biologie spécialisée | Ethique | Francophonie | Image | Radiopharmaceutique |
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| Intelligence artificielle | Radioprotection | Poumons |
Les missions de ces groupes de travail sont multiples:
- promouvoir la médecine nucléaire auprès des sociétés d'organes correspondantes
- assurer l'enseignement post-universitaire spécifique à leur domaine d'expertise par l'intermédiaire d'ateliers de formation continue
- édicter les guides de procédures correspondant à leur domaine d'expertise
- organiser et développer les protocoles de recherche clinique en rapport avec leur groupe.